De acordo com órgãos ambientais, as estimativas indicam uma população com cerca de apenas 500 indivíduos. A principal causa da redução populacional no passado foi a caça. Atualmente, as maiores ameaças são a poluição e outras interferências do homem no habitat do animal. Prova disso é que ambientalistas já descobriram que filhotes foram encontrados com resquícios de metais pesados. Segundo o projeto “Viva o Peixe Boi Marinho”, no Brasil, hoje a população está distribuída, de forma descontínua, de Alagoas até o Amapá.
